Diskussion

Ein Agarosegel trennt im häufig benutzen Bereich von 500 -10000 Bp die Nukleinsäuren für die Routineuntersuchungen zufriedenstellend auf. Dabei wird mit einem Farbstoff wie Ethidiumbromid doppelsträngige DNA nachgewiesen. Da es sich dabei um Fluoreszenz handelt, ist der Nachweis sehr empfindlich. Die Nachweisgrenze für DNA ist sehr niedrig; sie benötigen also nur wenig DNA für die Analyse und können den Großteil der DNA für weitere Experimente nutzen.

Die Färbeintensität einer DNA-Bande in einem Agarosegel kann auch zur Abschätzung der DNA-Menge verwendet werden. Entweder durch den direkten Vergleich oder durch eine Verdünnungsreihe.

Verunreinigungen der DNA sind in diesem Verfahren allerdings nur teilweise erkennbar. Häufig findet man auch einen diffusen Schmier, der bei kleinen Fragmentlängen auftritt. Dies ist RNA, die partiell doppelsträngig ist und damit auch durch die Einlagerung von Ethidiumbromid angefärbt wird. Eventuell vorhandene Proteinverunreinigungen in der DNA-Probe werden mit diesem Verfahren jedoch nicht angezeigt.