Rezepte für die Nukleinsäureanalytik
Übersicht zu anderen Rezeptsammlungen:
Enzyme | Medien | Proteinanalytik | Teste
In dieser Sammlung finden Sie:
Agarose | Cracking-Puffer | Ethidiumbromid | PBS | Silberfärbung | TAE-Puffer | TBE-Puffer | TE-Puffer
Agarose
Für viele Nukleinsäuretrennungen ist 0,8%-ige Agarose das Mittel der Wahl.
- Geben Sie die Agarose (z.B. TopVision LE GQ Agarose von Fermentas, R0491) in eine 250 ml Schraubglasflasche.
- Geben Sie 2 ml 50-fachen TAE-Puffer und 98 ml demin. Wasser hinzu.
- Wiegen Sie die Flasche mit Inhalt.
- Erhitzen Sie die Suspension in der Mikrowelle ohne Deckel vorsichtig bis sie kocht (aufklart). Tragen Sie dazu Handschuhe und achten Sie auf einen Siedeverzug.
- Wiegen Sie die Flasche nun erneut und füllen Sie bis zum ursprünglichen Gewicht mit warmem demin. Wasser auf. Schwenken Sie die Flasche anschließend leicht, um eine homogene Lösung zu erhalten.
- Lassen Sie die Agarose auf ca. 50°C erkalten, bevor Sie sie in die Gelkammer gießen. Setzen Sie sofort den Kamm zur Ausbildung der Probentaschen ein. Erkaltete Agarose erscheint grau-opak.
- Hinweis: die Agarose kann zum regelmäßigen sofortigen Gebrauch im Brutschrank bei 50°C aufbewahrt werden.
Cracking-Puffer | |
pH-Wert | > 12 |
Konzentrierung | 1-fach, gebrauchsfertig |
Menge | 1 ml |
Zusammensetzung: | Substanz | Menge | Molarität | Molekular- | Lieferfirma, Bestellnummer |
Saccharose | 200 mg | 584 mM | 342,30 g/mol | vwr, 1.07687.0250 | |
NaOH (2 M) | 100 µl | 200 mM | 40,00 g/mol | Fluka, 71692 | |
Natrium (Sodium)-Dodecylsulfat, SDS (10%) | 50 µl | 1,7 mM | 288,38 g/mol | vwr, 8.17034.1000 | |
Herstellung: | Mit sterilem Wasser auf 1000µl auffüllen. | ||||
Anwendung: | Zelllyse von Bakterien zur Freisetzung von Plasmid-DNA. Der alkalische pH-Wert führt zum Abbau der RNA. Keine Restriktionsendonuklease-Verdaue möglich. | ||||
Sicherheitsdatenblatt | NaOH, SDS | ||||
Ethidiumbromid (EtBr)
- Färbung von Nukleinsäuren in verschiedenen Trennmedien (u.a. Agarose)
- Geben Sie 10 µl Ethidiumbromidstammlösung (10 mg/ml demin. Wasser, z.B. Roth 2218.1) in 100 ml einfach konzentrierten TAE-Puffer.
- Hinweis: Beachten Sie dabei die Sicherheitshinweise für das Ethidiumbromid und tragen Sie unbedingt Schutzhandschuhe.
- Ist wochenlang bei Raumtemperatur in geschlossener, lichtgeschützter Plastikwanne lagerfähig.
- Benötigt einen UV-Transilluminator (ca. 300 nm Anregungswellenlänge), um den DNA-EtBr-Komplex sichtbar zu machen. Kurze DNA-Moleküle lagern weniger EtBr-Moleküle ein; sie erscheinen daher schwächer gefärbt.
- Nachweisgrenze: gerade noch sichtbar sind 5-10 ng DNA
- Bilddokumentationssystem (z.B. digitaler Fotoapparat mit einem GelStar Photographic Filter (Biozym, Best-Nr: 850536) )
- Alternativen: SybrGreen (MoBiTec, S-7580) oder SybrSafe (MoBiTec, S-33100) sind empfindlicher, teurer und photo-oxidativ. Benötigen einen Dark Reader als Transilluminator.
- Sicherheitsdatenblatt: Ethidiumbromid,
PBS, phosphate buffered saline | |
pH-Wert | 7,4 |
Konzentrierung | 1-fach |
Menge | 1000 ml |
Zusammensetzung: | Substanz | Menge | Molarität | Molekular- | Lieferfirma, Bestellnummer |
NaH2PO4 | 2,07 g/l | 15 mM | 137,99 g/mol | Fluka, 1.06346.0500 | |
NaCl | 5,84 g/l | 100 mmol | 58,44 g/mol | Fluka, 71380 | |
Na2HPO4 | 12,06 g/l | 85 mM | 141,96 g/mol | Fluka, 71642 | |
Herstellung: | Mit demin. Wasser auf 1000 ml auffüllen, pH einstellen (HCl oder NaOH je 2M) und autoklavieren. | ||||
TAE-Puffer (Tris EDTA Acetat) | |
pH-Wert | 8,0 |
Konzentrierung | 50-fach |
Menge | 1 l |
Zusammensetzung: | Substanz | Menge | Molarität | Molekular- | Lieferfirma, Bestellnummer |
Tris | 242,2 g/l | 2 M | 121,21 g/mol | Fluka, 93352 | |
EDTA | 37,2 g/l | 100 mM | 372,2 g/mol | Fluka, 03680 | |
Herstellung: | Substanzen einwiegen mit demin. Wasser auf 500 ml auffüllen, mit konzentrierter Essigsäure auf pH 8,0 einstellen, dann mit demin. Wasser bis auf 1000 ml auffüllen. | ||||
Anwendung: | Zum Gebrauch 1 Teil Puffer mit 49 Teilen demin. Wasser verdünnen. Lauf- und Gelpuffer der Agarosegelelektrophorese. EDTA hemmt Nukleasen. | ||||
Sicherheitsdatenblatt | Tris, EDTA, Essigsäure | ||||
TAE-Puffer (Tris-EDTA-Acetat) für Elchrom Gele(Fingerprinting) | |
pH-Wert | 8,0 |
Konzentrierung | 40-fach |
Menge | 1 l |
Zusammensetzung: | Substanz | Menge | Molarität | Molekular- | Dichte | Lieferfirma, Bestellnummer |
Tris | 145,37 g/l | 1199 mM | 121,21 g/mol | Fluka, 93352 | ||
EDTA | 11,16 g/l | 30 mM | 372,2 g/mol | Fluka, 03680 | ||
Eisessig | 34,4 ml | 601,5 mM | 60,05 g/mol | 1,05 g/ml | Roth, 3738.4 | |
Herstellung: | Substanzen einwiegen mit demin. Wasser auf 1000 ml auffüllen. | |||||
Anwendung: | Zum Gebrauch verdünnen Sie 1 Stammlösung mit 39 Teilen demin. Wasser. | |||||
Sicherheitsdatenblatt | Tris, EDTA, Essigsäure | |||||
TBE-Puffer (Tris-Borat-EDTA) | |
pH-Wert | 8,0 |
Konzentrierung | 10-fach |
Menge | 1000 ml |
Zusammensetzung: | Substanz | Menge | Molarität | Molekular- | Lieferfirma, Bestellnummer |
Tris | 121,1 g/l | 1 M | 121,21 g/mol | Fluka, 93352 | |
EDTA | 3,72 g/l | 100 mM | 372,2 g/mol | Fluka, 03680 | |
Borat | 51,53 g/l | 833,4 mM | 61,83 g/mol | Fluka, 15670 | |
Herstellung: | Substanzen in eine Flasche geben und mit 500 ml demin. Wasser auffüllen, mit NaOH (2M) auf pH 8,0 titrieren und dann mit demin. Wasser auf 1000 ml auffüllen. | ||||
Anwendung: | Alternativer Puffer für die Molekularbiologie. Verdünnen Sie 1 Teil Puffer mit 9 Teilen demin. Wasser. | ||||
Sicherheitsdatenblatt | Tris, EDTA, Borat | ||||
TE-Puffer (Tris-EDTA) | |
pH-Wert | 8,0 |
Konzentrierung | 1-fach, gebrauchsfertig |
Menge | 1000 ml |
Zusammensetzung: | Substanz | Menge | Molarität | Molekular- | Lieferfirma, Bestellnummer |
Tris | 1.21 g/l | 10 mM | 121,21 g/mol | Fluka, 93352 | |
EDTA | 0,372 g/l | 1 mM | 372,2 g/mol | Fluka, 03680 | |
Herstellung: | Substanzen in eine Flasche geben und mit 500 ml demin. Wasser auffüllen,mit HCl (2 M) auf pH 8,0 titrieren und dann mit demin. Wasser auf 1000 ml auffüllen. | ||||
Sicherheitsdatenblatt | Tris, EDTA, | ||||